A 17. század derekán két portugál szerzetes érkezik a távoli és titokzatos Japánba, hogy Isten igéjét terjesszék a helyi lakosság között és megtalálják mentorukat, Cristóvao Ferreirát (Liam Neeson), akiről az a hír járja, hogy kínzás hatására megtagadta hitét.
Az ifjú jezsuita, Sebastiao Rodrigues (Andrew Garfield) és társa, Francisco Garrpe (Adam Driver) a szamurájok kegyetlen és egzotikus világával találja szemben magát, ahol egészen más szabályok érvényesek, mint a keresztény Európában. Rodriguest megrendítik a látottak, háborgó lelke válaszokat követel Istentől. Miközben megpróbálja kideríteni, mi történt Ferreirával, olyan megpróbáltatásokban lesz része, amely nem csak sziklaszilárdnak vélt hitét, de az életét is veszélybe sodorja.